Se la malformazione colpisce il midollo spinale ad un livello alto (es. dorsolombare) il deficit motorio sarà più grave di una analoga malformazione in sede più bassa (es. sacrale) in quanto nel primo caso saranno gravemente compromessi tutti i muscoli della coscia, della gamba e del piede, mentre nel secondo caso possono essere solo colpiti muscoli intrinseci del piede.
La disabiltà motoria è quindi molto diversa in rapporto al livello lesionale: alcuni bambini con MMC camminano bene e hanno solo difficoltà nel mettersi in punta di piedi, altri invece non raggiungono mai la capacità di stare in piedi e camminare da soli.